از مهمترین علل تأسیس دانشگاه مفید، جذب و آموزش طلاب مستعد حوزه های علمیه جهت آموزش علوم انسانی با متد دانشگاهی به آنهاست. این سیاست با شروع به کار دانشگاه با عنوان «بورس آیت الله العظمی موسوی اردبیلی (ره)» پیوسته دنبال شده و تا کنون نیز ادامه دارد. با توجه به اهداف بلند و نگاه بنیانگذار فقید دانشگاه مفید، تمام طلّاب مستعد و تلاشگر حوزه‌های علمیه سراسر کشور می‌توانند با شرکت در آزمون ورودی و مصاحبه‌های علمی اختصاصی، به شرط کسب شرایط لازم، از «بورس تحصیلی آیت الله العظمی موسوی اردبیلی (ره)» در سه مقطع كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكترای رشته‌های موجود در دانشگاه مفید بهره ببرند. این بورس تحصیلی در قالب ضوابط و شرایط خود، شامل تمام هزینه‌های تحصیلی در دانشگاه و همچنین کمک هزینه مالی ماهیانه برای زندگی و زیست این طلّاب دانشجو می شود. آزمون اختصاصی این بورسيه، هر ساله در فصل بهار و با نظارت سازمان سنجش و آموزش كشور در محل دانشگاه مفيد برگزار می گردد.