دبیرخانه مراکز مطالعاتی دانشگاه مفید به‌منظور انسجام فعالیت‌های اجرایی مراکز چهارگانه مطالعاتی در سال ۱۳۹۸ راه‌اندازی شد. بر این اساس، همه برنامه‌های مراکز مطالعاتی حقوق بشر، قرآن، اقتصادی و حقوق تطبیقی، همچون: همایش‌های داخلی و بین‌المللی، سمینارها، اجلاس‌ها، نشست‌های علمی، کرسی‌های ترویجی و ... به‌وسیلۀ این دبیرخانه انجام می‌شود؛ همچنین این دبیرخانه مسئولیت مدیریت و آماده‌سازی نشریات علمی دانشگاه را تا مرحله انتشار بر عهده دارد.
مدیریت متمرکز و هم‌افزایی توان اجرایی و افزایش یکپارچه کیفیت فعالیت‌های گوناگون مراکز مطالعاتی و نشریات علمی دانشگاه از اصلی ترین اهداف این دبیرخانه است. از این‌رو، امور در دبیرخانه علاوه بر اینکه کارشناس مختص به خود را دارد اما به صورت سیال و با مشارکت تمام افراد به پیش می‌رود تا حداکثر توان و بهره‌وری افراد برای پیش‌رفت بهینه امور استفاده شود.
وظایف:
۱- انجام کلیه امور اجرایی و دفتری مراکز مطالعات؛
۲- انجام كلیه امور اجرایی مجله‌های علمی دانشگاه از قبیل موارد زیر:
۱.۲- ارجاع و پیگیری ارزیابی و رفع اشكالات مقاله‌ها و انتشار هر شماره از مجله در زمان مقرر؛
۲.۲- شناسایی افراد و تهیه بانك‌های اطلاعاتی جامع از متخصصین رشته‌های مورد نیاز برای ارزیابی مقالات مجله‌ها؛
۳.۲- اقدامات لازم برای دریافت اعتبار و درجات علمی برای مجله‌های دانشگاه و ارتقای آن؛
۴.۲- معرفی مجله‌های دانشگاه به پایگاه‌های معتبر نمایه‌سازی و اقدامات لازم برای درج نشریات دانشگاه در آنها؛
۳- انجام امور اجرایی برگزاری همایش‌ها، نشست‌ها، كارگاه‌ها و برنامه‌های علمی مصوب مراكز مطالعات و دپارتمان ها؛
۴- انجام امور مالی برنامه‌های مراكز مطالعات؛
۵- انجام امور قراردادهای پژوهشی که مراکز و دپارتمان ها تأیید می‌نمایند با رعایت ضوابط و سیاست‌های دانشگاه؛
۶- نظارت منظم و مستمر بر انجام قراردادهای پژوهشی توسط افراد و انجام اقدامات لازم مطابق قوانین و مقررات؛
۷- ایجاد و اطلاع‌رسانی بانک‌‌های اطلاعاتی پژوهشی مربوط به حوزه کاری مراکز؛
۸- شناسایی افراد و حوزه‌های موضوعی مرتبط با مراكز مطالعات و دپارتمان ها برای پیشنهاد پژوهش‌های آتی آنها؛
۹- شناسایی مراکز و توانمندی‌های پژوهشی داخلی و خارجی و کمک به مراکز مطالعات و دپارتمان‌ها برای ایجاد روابط پژوهشی با آنها؛
۱۰- انجام سایر اموری كه بر اساس آیین‌نامه‌ها و ضوابط دانشگاه به عهده دبیرخانه مراكز مطالعات گذاشته شده است.
