دبیرخانه مراکز مطالعاتی دانشگاه مفید به‌منظور انسجام فعالیت‌های اجرایی مراکز چهارگانه مطالعاتی در سال 1398 راه‌اندازی شد. بر این اساس، همه برنامه‌های مراکز مطالعاتی حقوق بشر، قرآن، اقتصادی و حقوق تطبیقی، همچون: همایش‌های داخلی و بین‌المللی، سمینارها، اجلاس‌ها، نشست‌های علمی، کرسی‌های ترویجی و ... به‌وسیلۀ این دبیرخانه انجام می‌شود؛ همچنین این دبیرخانه مسئولیت مدیریت و آماده‌سازی نشریات علمی دانشگاه را تا مرحله انتشار بر عهده دارد.
مدیریت متمرکز و هم‌افزایی توان اجرایی و افزایش یکپارچه کیفیت فعالیت‌های گوناگون مراکز مطالعاتی و نشریات علمی دانشگاه از اصلی ترین اهداف این دبیرخانه است. از این‌رو، امور در دبیرخانه علاوه بر اینکه کارشناس مختص به خود را دارد اما به صورت سیال و با مشارکت تمام افراد به پیش می‌رود تا حداکثر توان و بهره‌وری افراد برای پیش‌رفت بهینه امور استفاده شود.