با توجه به اهمیت همکاری فعال دانشجویان در برنامه‌های علمی و نیز ایجاد فضای مناسب برای تحقق ایده‌های علمی آنان، انجمن‌های علمی بسیاری در دانشگاه مفيد تأسیس شده است. اين انجمن‌ها به‌صورت مستقل يا مشترك با ديگر واحدهای دانشگاه، برنامه‌های گوناگونی در چهارچوب همايش، سمينار، نشست، كلاس‌های فوق برنامه و ... برگزار می‌کنند. هرساله انتخابات اعضا انجمن‌ها (برای تصدی پست‌های تعریف‌شده در هر انجمن) با تشريفات ویژه و با نظارت دفتر امور فرهنگی دانشگاه به‌وسیلۀ خود دانشجویان برگزار می‌گردد.
اسامی انجمن های فعال در دانشگاه مفيد:

انجمن علمی – دانشجويی علوم و قرآن (تأسيس 1382 )

انجمن علمی – دانشجويی فلسفه (تأسيس 1386)

انجمن علمی – دانشجويی اقتصاد (تأسيس 1387)

انجمن علمی – دانشجويی علوم سياسي (تأسيس 1387)

انجمن علمی – دانشجويی حقوق (تأسيس 1388)

انجمن علمی – دانشجويی زبان انگليسی (تأسيس 1388)

انجمن علمی - دانشجویی فقه و حقوق (تأسیس 1398)

مهم‌ترین برنامه‌های هر انجمن
1. برگزاری نشست‌ها، سخنرانی‌ها و همایش‌های علمی دانشجویی؛
2. برگزاری مسابقه و رقابت‌های علمی میان دانشجويان؛
3. برگزاری نشست‌های گفت‌وگوی علمی دانشجويان؛
4. برگزاری اردوهای علمی؛
5. گردآوری و نشر مطالب علمی در گستره تخصصی انجمن؛
6. حضور منظم و برنامه‌ریزی‌شده در همایش‌ها و نشست‌های علمی مؤسسه‌ها و مراكز ديگر؛
7. برگزاری کارگاه‌های مقاله‌نویسی و پایان‌نامه نويسی.