دانشگاه مفید به‌عنوان یک دانشگاه پیشرو درزمینۀ ایجاد فضایی علمی و دانشگاهی برای مباحث علوم انسانی با همت والای مرحوم حضرت آیت‌الله‌العظمی موسوی اردبیلی(ره) در سال 1368 تأسیس شد؛ اگرچه ایده ایجاد چنین فضایی برای پژوهش و تحقیق درباره علوم انسانی و ربط و پیوند آن با مبانی دینی، نه در دهۀ شصت، بلکه در چند دهۀ پیش از آن در ذهن آیت‌الله اردبیلی شکل گرفته بود. این ایده اولیه بر پایه یک اصول روشمند برای تربیت نسل آینده در چهارچوب مدارس و مکتب مفید در دهه چهل به ظهور رسید و پس از رفع موانع و با همراهی بسیاری از صاحبان تفکر و نام‌آوران تقریب ایده‌های دینی و مباحث روز دنیا، در چهارچوب معدود دانشگاه‌های تخصصی علوم انسانی در ایران و همچنین نخستین دانشگاه استان قم و از اندک دانشگاه‌های خصوصی ایران، شروع به فعالیت کرد. در واقع هدف اصلی مرحوم اردبیلی و همفکران او در تأسیس و گسترش چنین نظام‌واره‌ای ایجاد یک مکتب فکری است که اکنون و پس از گذشت چند دهه تلاش و تفکر، می‌توان آن را یکی از مکاتب آزاداندیشی و نواندیشی دینی در چهارچوب سنت دینی و ذیل عنوان مکتب مفید معرفی کرد. این فعالیت‌های شکل‌یافته و نظام‌گرفته بر پایۀ ایدۀ اولیه، مسیری بود که پیشینیان و اهل علم و دین برای ما به میراث نهاده بودند و مفید حرکت در آن راستا را به‌عنوان یکی از آرمان‌های اصلی خود می‌داند.
در زمانۀ تشکیل دانشگاه، ایدۀ پیوند موضوعات و پرسش‌ها در گسترۀ علوم انسانی و مباحث دینی، مدت‌ها بود که شکل‌گرفته و به روش‌های مختلف متفکران را به خود مشغول کرده بود؛ اما ایجاد یک مرکز علمی و گسترده برای پیشبرد این هدف، کمتر در ایران محقق شده بود؛ ازاین‌رو مرحوم موسوی اردبیلی با تفکری روشن و برای پاسخ به پرسش‌های انسان معاصر در گستره رابطه دین و مسائل روز، به‌دوراز تعصب و تلاش برای توجیه بدون تعقل، دانشگاهی را تأسیس کردند که بتوان در آن آزادانه درباره پرسش‌ها اندیشید و تا اندازه توان پاسخ‌هایی را برای آن‌ها مطرح کرد.
ایجاد فضایی علمی برای پژوهش و آماده‌سازی تمام امکانات لازم برای این موضوع را باید از برترین نکات و مؤثرین معیارهای تمایز دانشگاه‌های پیشرو دانست. برای تحقق این ایده، دانشگاه مفید با جذب دانش‌آموختگان برتر دانشگاهی و فضلای حوزه‌های علمیه ایران، سعی در ایجاد بستری مناسب در راستای تحقیق و گسترش دانش دینی و پیوند آن با علوم انسانی روزگار معاصر و همچنین کسب نگاه و برخورد نقادانه با مباحث و آموزه‌های دینی نمود. این اقدام باعث شد تا دستاورد تعلیم و تربیت در دانشگاه، نتایجی مثبت را در اصلاح و تحرک این فضا به وجود آورد که از ثمرات آن می‌توان به گسترش و ژرف‌نگری موضوعاتی همچون: فلسفه اسلامی و ربط و نسبت آن با فلسفه‌های غربی، حقوق بشر و نگاه اسلام، حقوق کودک و حقوق زن، اقتصاد اسلامی و شیوه تعامل موضوعات اقتصادی در اسلام و اقتصاد روز دنیا، کلام شیعی، فقه و حدیث، مبانی اندیشه سیاسی در اسلام و دنیای معاصر، اخلاق زیستی و اخلاق دین‌محور و دیگر موضوعات دانست؛ همانا پیوند میان دانش دینی و علوم روز در اعضای هیئت‌علمی را می‌توان نقطه اتکایی برای دست‌یابی به این اهداف دانست که در دانشگاه مفید محقق شده است و برخی از آثار منتشرشده به‌وسیلۀ اعضای هیئت‌علمی و پژوهشگران دانشگاه، تاکنون به آثار اصلی و مرجع درزمینهٔ خود تبدیل شده و دارای افتخارات ملی و بین‌المللی است.
همچنین دانشجویان و دانش‌آموختگان این مکتب فکری نیز با همت خود و با الگو گیری از کوشش‌ها و زحمات استادان خود، بحمدالله، امروزه در بهترین درجات علمی و شغلی ایران و خارج از کشور قرارگرفته‌اند و جایگاه‌های رفیع انسانی، علمی، اجتماعی و اقتصادی را برای خود مهیا ساخته‌اند. از میان نزدیک به ده هزار دانش‌آموخته دانشگاه، حضور پرتکرار اشخاصی در کسوت هیئت‌علمی دانشگاه‌های ایران و خارج از کشور، وزرا، سفرا، مسئولین سیاسی، فرهنگی و اقتصادی ایران و کشورهای دیگر، اصحاب قلم، قضات و وکلای برجسته نشان‌دهنده آن است که مفید به بخش بزرگی از آرمان‌ها و اهدافش دست یافته است.
دانشگاه مفید با ایجاد یک کتابخانه غنی درزمینۀ علوم انسانی و ایجاد فضاهای اختصاصی پژوهش، کلینیک حقوقی و روان‌شناختی، کلینیک حقوق کودک، ارتباط عمیق و برگزاری مجامع علمی با مراکز و دانشگاه‌های ایران و کشورهایی نظیر آمریکا، کانادا، آلمان، انگلستان، فرانسه، بلژیک، سوئیس، اسپانیا، نروژ، سوئد، ایتالیا، هلند، استرالیا، ایرلند، لوکزامبورگ، چین، روسیه، آفریقای جنوبی، مصر، تونس، مراکش، هند، بنگلادش، مالزی، اندونزی، فیلیپین، تاجیکستان، قطر، امارات، ترکیه، عربستان، لبنان، عراق، افغانستان و ... همچنین برگزاری همایش‌های بین‌المللی مشترک با سازمان ملل و نهادهای تابعه آن و دعوت از استادان و متفکران کشورهای دیگر برای تبادل‌نظر و جلسات علمی خواسته است تا نهایت توان خود را برای گسترش مفاهیم و مباحث مورد نظر و همچنین انتقال و آموزش آن‌ها به دیگران به کار برد.
دانشگاه مفید و پردیس آن در مساحتی حدود هفتاد هکتار و با مشوق‌های مالی، تحصیل رایگان دوره‌های تحصیلات تکمیلی، بورس‌های دانشجویی، ساخت خوابگاه‌های مدرن، فضاهای ورزشی و تفریحی، فضای جنگلی وسیع، مرکز مشاوره روانشناسی، سلف‌سرویس و رستوران وی آی پی، باشگاه‌های بدن‌سازی، مسیر سلامت و دوچرخه‌سواری، زمین چمن مصنوعی و سالن‌های سرپوشیده، مرکز آموزش‌های آزاد و مجازی، اینترنت پرسرعت رایگان و ... کوشیده است تا برای آسایش و آرامش بیشتر دانش‌پژوهان و دانشجویان، بهترین امکانات و خدمات جانبی را به آن‌ها ارائه کند.
در دانشگاه مفيد 37 گرايش تحصيلی در شش دپارتمان «اقتصاد»، «حقوق»، «فلسفه»، «علوم سياسی»، «الهيات» و «زبان انگليسی» و در سه مقطعِ كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكتری ارائه می‌شود. ورود به دانشگاه مفيد از سه روش كنكور سراسری، آزمون اختصاصی (ويژۀ طلاب حوزه‌های علميه) و ورود بدون آزمون امکان‌پذیر است. هم‌اکنون بيش از 1800 دانشجوی آقا و خانم (ايرانی و غير ايرانی) در اين دانشگاه مشغول به تحصيل هستند.

نشو و نمای علوم اسلامی در طول دوران، از طريق مدارس علميه صورت پذيرفته است؛ ولی کاربرد بیش‌ازاندازه از روش‌های سنتی برای تعليم، تحقيق و انديشه‌ورزی سبب شده بود كه آن مدارس توان مطلوب برای ارائۀ پاسخ‌های اسلام به چالش‌های روز را نداشته باشند. اين تفكر كه در دوران کنونی، ارائه دیدگاه‌های اسلامی درباره دانش‌های اقتصادی، حقوقی، سياسی یا هر رشته ديگر از علوم انسانی- که دين اسلام درباره آن نظر دارد- نیازمند تسلط توأمان به علوم جدید و علوم حوزوی است، آیت‌الله موسوی اردبيلی را بر آن داشت تا با همفكری افرادی ازجمله آیت‌الله دكتر بهشتی، آیت‌الله مطهری و دكتر باهنر، فعالیت‌های علمی گوناگونی را در راستای رفع اين کاستی در حوزه‌های علميه آغاز نمايند.
بر اساس اين دغدغه، آیت‌الله موسوی اردبيلی در سال 1368 با مجوز شورای عالی انقلاب فرهنگی، دانشگاه مفيد را تأسيس نمودند تا افزون بر تلفيق علوم حوزه و دانشگاه، با پرورش متخصصانی مسلط بر علوم حوزوی و دانشگاهی، زمينه ارائۀ پاسخ‌های مقتضی به مسائل دنيای معاصر از ديدگاه اسلام را فراهم آورند.

‌اهداف تأسیس دانشگاه مفيد مطابق ماده «1» اساسنامه ، مصوب جلسات 150, 151 و 158 شورای عالی انقلاب فرهنگی در تاريخ 1367/3/10، 1367/3/17 و 1367/5/7. عبارت‌اند از:
1. مطالعه و تحقیق در علوم و معارف اسلامی و بازبینی و بازنگری در علوم انسانی بر اساس مبانی و موازین اسلامی؛
2. فراهم آوردن زمینه‌های لازم برای گسترش فعالیت‌های علمی و تحقیقاتی در جهان اسلام و ارزیابی تحقیقات انجام‌یافته در گستره معارف اسلامی و علوم انسانی؛
3. تربیت علمی و عملی پژوهشگران برجسته و دارای صلاحیت خدمت در دانشگاه و دیگر مؤسسات تحقیقاتی مشابه آن؛
4. معرفی و به‌کارگیری نتایج تحقیقات انجام‌شده در وجوه گوناگون حیات فرهنگی و اجتماعی ملل اسلامی؛
5. تحقیق شئون مختلف جوامع اسلامی و دیگر جوامع و پیش‌بینی تحول آن‌ها به‌منظور طرح پیشنهادهای مناسب برای تدوین خطوط کلی سیاست‌های‌ فرهنگی - اجتماعی و علمی جهان اسلام.

دانشگاه مفيد در طول سی سال فعالیت مستمر توانسته است با جلب همكاری انديشمندان و پژوهشگران برجسته علوم انسانی داخل و خارج از كشور، استادان و دانشجويان و پژوهشگرانی را پرورش دهد كه خود امروزه از نامداران مجامع علمی و اجرايی كشور هستند؛ همچنين اين دانشگاه با ایجاد امكانات لازم و ارتقای كمّی و كيفی خود، توانسته است محيط دانشگاه را مطابق با نياز اهل علم، به‌روز نگاه دارد.
در دانشگاه مفيد از ابتدای تأسيس تاکنون، صدها برنامه همچون: همايش بین‌المللی و داخلی، كارگاه آموزشی، مدرسه تابستانی، نشست علمی، كرسی آزاداندیشی، جلسه نقد و بررسی كتاب و ... برگزار شده است كه افزون بر ايجاد زمينۀ مناسب برای تضارب آرای استادان و دانشجويان، توانسته است در گستره آموزش غيررسمی نيز جايگاه شایسته‌ای به خود اختصاص دهد؛ همچنين انتشار نخستین مجله علمی – پژوهشی استان قم با عنوان «نامۀ مفيد»، تأسيس نخستین كلينيك حقوقی در ايران، تأسيس نخستین كلينيك حقوق كودك در ايران، انتشار نخستین و تنها نشريه تخصصی دوزبانه و بین‌المللی حقوق بشر در ايران و تأسيس يكی از بزرگ‌ترین و غنی‌ترین کتابخانه‌های دانشگاهی كشور در گستره علوم انسانی، ازجمله فعالیت‌های برجسته دانشگاه مفيد است.
تخصّص اعضای هیئت‌علمی و استادان دانشگاه مفيد در علوم حوزوی و دانشگاهی به‌طور توأمان، سبب شده است تا اين دانشگاه در حوزه آموزش عالی كشور جايگاهی ممتاز داشته باشد.
یکی از مهم‌ترین دستاوردهای این دانشگاه را باید ایجاد شبکه‌ای از ارتباطات علمی بین‌المللی با دانشگاه‌ها و مؤسسات تحقیقاتی دنیا دانست که در واقع دانشگاه از این طریق توانسته است به پررنگ‌ترین هدف خود، درزمینۀ گفتگوی فرهنگی و دینی و گسترش دانش اسلامی به فراتر از مرزهای کشورهای اسلامی، جامۀ عمل بپوشاند.

دانشگاه مفيد در مجامع علمی به‌عنوان دانشگاهی ایده پرداز و بنيانی برای نقد علمی و تضارب اندیشه‌ها شناخته می‌شود. تأكيد مؤسس فقيد دانشگاه بر عدم اختلاط محيط علمی با ديگر مواضع موجود در جامعه، سبب شده است تا در دانشگاه مفيد جمعی از تفکرها و سلیقه‌های گوناگون گرد هم‌آیند و محيطی علمی و با نشاط برای پيگيری مسائل مختلف علوم انسانی فراهم گردد.
همچنين دانشگاه مفيد زمینه‌ساز، ایجادکننده و بسط دهندۀ بسياری از روندهای علمی موجود در جامعه ازجمله: مباحث مربوط به گستره‌های گوناگون و بنيادی حقوق بشر، حقوق زن، حقوق كودك، ارتقای کیفیت نظام قضايی، رفع چالش‌های نظام اقتصادی اسلام، بانكداری بدون ربا، عدالت اجتماعی و ... بوده است و فعالیت‌های چشمگيری مانند برگزاری همایش‌های بین‌المللی دوسالانه حقوق بشر را در كارنامه خود دارد كه از اين راه موجب آشنايی بسياری از پژوهشگران غربی با آراء و اندیشه‌های پژوهشگران مسلمان شده است.
اين دانشگاه با حمايت مادی و معنوی از پژوهشگران، آثار شایسته‌ای را در گستره‌های فعالیت خود به اهل علم عرضه داشته است؛ همچنين در طول سه دهه گذشته، نزدیک به ده هزار دانشجوی آقا و خانم ايرانی و غير ايرانی از دانشگاه مفيد فارغ‌التحصیل شده‌اند كه بسياری از آن‌ها در مشاغل گوناگون مرتبط با رشته‌های تخصصی خود در داخل و خارج از كشور مشغول فعالیت و خدمت‌اند.

حضرت آیت‌الله‌العظمی سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی بنیان‌گذار دانشگاه مفید، مرجع عظام تقليد و از ياران نزديك امام خمینی(ره) در جریان انقلاب اسلامی (۱۳۵۷) بودند. ايشان پیش از انقلاب اسلامی، بنا بر اهميتی كه برای فرهنگ و آموزش و همچنين اقتصاد اقشار محروم جامعه قائل بودند، مؤسساتی همچون: مکتب خيريه امیرالمؤمنین×، کانون علمی - فرهنگی توحید و مدارس مفید در مقاطع مختلف را راه‌اندازی و پس از انقلاب اسلامی نیز دانشگاه مفید را تأسیس و اداره نمودند. افزون بر اين، عضویت ايشان در شورای انقلاب اسلامی، مجلس خبرگان قانون اساسی و شورای بازنگری قانون اساسی، نشان از جايگاه ممتاز علمی و فقهی آن عالم فرزانه دارد. نمایندگی دور اول مجلس خبرگان رهبری، امامت جمعه موقت تهران، دادستان کل کشور و رئیس دیوان عالی کشور از ديگر خدمات آیت‌الله‌العظمی موسوی اردبيلی& در سال‌های نخستین انقلاب اسلامی است.
ايشان پس از رحلت امام خمینی(ره) در سال ۱۳۶۸ از همه فعالیت‌های اجرایی و حکومتی کناره گرفتند و به دنبال اهداف علمی و خدماتی خود راهی قم شدند و در كسوت مرجعيت شيعيان جهان و ریاست دانشگاه مفيد تا پايان عمر شريف خود به خدمت‌رسانی اشتغال داشتند. آن عالم عامل و فقيه محقق، سرانجام در سوم آذرماه ۱۳۹۵ و در سن ۹۱ سالگی پس از عمری مجاهدت‌های علمی و ايمانی، دار فانی را وداع گفتند و در جوار كريمه اهل‌بیت حضرت فاطمه معصومه (سلام‌الله علیها) روی در دامان خاك كشيدند. روحش شاد و راهش پر رهرو باد.