نظر به اهمیت شرکت فعّال دانشجویان در برنامه های علمی و نیز ایجاد فضای مناسب برای تحقق ایده های علمی دانشجویی، در دانشگاه مفيد انجمن های علمی متعددی تأسیس شده است. اين انجمن ها به صورت مستقل يا مشترك با ديگر واحدهای دانشگاه، برنامه های گوناگونی در قالب همايش، سمينار، نشست، كلاس های فوق برنامه و ... برگزار می كنند. هر ساله انتخابات انجمن ها با تشريفات خاص و با نظارت دفتر امور فرهنگی دانشگاه جهت انتخاب اعضاء و تصدی پست های تعريف شده در هر انجمن، برگزار می گردد.
اسامی انجمن های فعال در دانشگاه مفيد:

انجمن علمی – دانشجويی علوم و قرآن (تأسيس 1382 )

انجمن علمی – دانشجويی اقتصاد (تأسيس 1387)

انجمن علمی – دانشجويی فلسفه (تأسيس 1386)

انجمن علمی – دانشجويی علوم سياسي (تأسيس 1387)

انجمن علمی – دانشجويی حقوق (تأسيس 1388)

انجمن علمی – دانشجويی زبان انگليسی (تأسيس 1388)

انجمن علمی - دانشجویی فقه و حقوق (تأسیس 1398)

اهم برنامه های هر انجمن
1- برگزاری نشست ها، سخنرانی ها و همايش های علمی ؛
2- برگزاری مسابقه و رقابت های علمی بين دانشجويان؛
3- برگزاری نشست های گفت و گوی علمی دانشجويان؛
4- برگزاری اردوهای علمی؛
5- تهيه و توزيع مطالب علمی در حوزه تخصصی انجمن؛
6- حضور منظم و برنامه ريزی شده در همايش ها و نشست های علمی موسسات و مراكز ديگر؛
7- برگزاری كارگاه های مقاله نويسی و پايان نامه نويسی.