دانشگاه مفيد به منظور تخصصي تر شدن پژوهش ها و مطالعات، اقدام به تاسيس مراكز مطالعاتي نموده است. اين مراكز با برگزاري كنفرانس هاي علمي به صورت مشترك، نقد كتاب و برگزاري كارگاه نقش موثري در توليد علم و تربيت محققان بويژه در تحقيقات با زمينه اسلامي داشته اند.
اين مراكز متناسب با گروه هاي آموزشي و تخصص اعضاي هيات علمي محترم دانشگاه مفيد و نيازهاي علمي روز تاسيس شده است.
اكنون چهار مركز مطالعاتي علوم اقتصادي، حقوق بشر، معارف قرآن و حقوق تطبيقي در دانشگاه مفيد مشغول فعاليت مي باشند.